Сабж.
Запрос вида ALTER TABLE foo_bar DROP COLUMN fro_bong; в SQLite сделать нельзя.
Есть, правда, workaround: можно во временную таблицу сбросить только нужные поля, исходную таблицу уничтожить, а потом пересоздать её из временной с уже удалёнными полями. А ещё есть программка sqlitebrowser, в которой тоже можно удалять поля в таблицах SQLite (наверное, в программе это как раз через временную таблицу и реализовано).
На сайте sqlite.org приведён список того, что есть в стандарте SQL92, но отсутствует в SQLite.
Всё равно его не брошу.
Проблема возникла, когда я захотел вычистить из базы этого блога поля «Категория» (категории не нужны, ибо являются частным случаем тэгов и лишней сущностью) и «Музыка» (осталось со времён X-Post, старого движка этого блога на PHP). В Django нет возможности приводить схему базы данных в соответствие с описаниями моделей в приложениях, можно лишь получать SQL-запросы для создания новой таблицы ($ python manage.py sql appname), так что таблички приходится руками ALTER-ить.